1933年納粹黨人開始對猶太人進行迫害，這對弗洛伊德的研究工作是一個重大打擊。當時弗洛伊德在德國的許多支持者被迫逃離自己的國家，他的著作在柏林被當眾焚燒。此後不久，他的出版公司的大部分存書又在萊比錫被沒收。儘管在德國的主要銷路已經喪失，但該公司仍然全力掙扎，直到1938年納粹入侵奧地利，公司房產被沒收為止。　　儘管壓力重重，弗洛伊德堅決不同意離開早己成為故鄉的維也納。但是，1938年3月納粹入侵奧地利以後，局勢已經很明顯了，如果還不走的話，要不了多久，他就會象別的猶太人一樣厄運臨頭。在這關鍵時刻，歐內斯特·瓊斯飛抵維也納，勸他移居英國，英國內務大臣亦為他、他的家庭以及他的學生提供了最充分的幫助。是年六月，他克服了納粹分子設定的重重障礙，終於飛抵倫敦。九月，他又搬到馬茲費爾德花園，這是他最後一次搬家。九月，弗洛伊德接受了最後的手術治病，這也是最大的一次手術。到了次年二月他癌症復發，醫生認為已無法再動手術了。然而在他逝世前的一個月，弗洛伊德還在忙於他的本職工作，還在接待來訪者，撰寫文章。1939年9月23日，弗洛伊德在倫敦與世長辭。