董卓死後，仍然留下了一些舊部和將領，王允這時候應該做的其實是安撫軍心。不過顯然，在剷除董卓一事中雖可以看出王允的謀略之深，但在事後的處理問題上卻也可以知道他在政治上的眼光還不夠深遠，最終為他招來了殺身之禍。王允掌權之後的第一件事情就是殺害了蔡邕。蔡邕曾是董卓的舊臣，因為在王允面前感嘆董卓之死而被押入獄問罪。許多大臣為其求情，蔡邕本人的才學也非常高，且罪不至死。但王允一概不聽，終導致蔡邕死於獄中。當時，董卓剛死，朝廷正值用人之際，王允此舉著實寒了不少人的心。此後，在處置董卓的嫡系部隊涼州兵一事上，也是導致王允最後身死的重要原因。王允在處理這件事情時，同樣沒有聽取他人以安撫為主的意見，而是想要派其畏懼的關東兵去解散他們。涼州兵得到訊息，恐慌不已，此時已經不是擔憂前途的時候了，他們更擔心自己會性命不保。涼州軍中的將領李傕、郭汜等人決定拼死一搏，他們集結部隊，以為董太師報仇之名，率軍進犯長安。呂布兵敗出逃，長安被攻陷，李傕、郭汜等人要求殺掉王允。無奈之下，王允走下城樓，被他們當場處決，終年五十六歲。