質量部：這個部門主要職責就是依照國內相關法律法規和企業內部標準對本企業生產的藥品質量進行監督，這也是保證出廠藥品質量最重要的環節。其主要工作內容有：來料檢驗、工序檢驗、產品檢驗、在庫檢驗、發貨檢驗等。質量部可以細分為QA（質量保證）、QC（質量控制）、法規事務部等。對於QA/QC的區別，簡單來說就是QC更關注於藥品，而QA更關注於質量體系。QC會根據公司的SOP（標準操作規程）中的檢驗步驟、檢驗專案對原輔料、水、包材、生產工藝過程、產品等進行檢驗並記錄；QA根據其檢驗結果依照SMP（標準管理規程）上規定的內控（公司內部制定的標準）和外控（國家或企業制定的標準）進行評價並出具檢測報告，以最終決定企業生產的藥品是否合格，能否上市銷售。法規事務部會嚴格按照GMP對藥品生產企業的各項要求進行整頓和改進，以使生產企業從廠房、設施等硬體到人員、記錄文件等軟體都能符合GMP要求。這也算是對生產質量合格藥品的一個保證。市場部：已上市銷售的藥品仍然會有質量問題，即有可能發生不良反應。這需要市場部人員收集和分析相應的資訊，組織會議，醫學部、研發部、質量部參加研究討論並決定產品的質量是否需要進一步改進。