這兩個機構，只有東廠頭子才是太監，其他的都是正常人。東廠頭子稱為廠公，一般有大太監擔任，是司禮監，秉筆太監等。 東西廠均由一個提督負責(西廠設立過兩次，但時間都不長)，由宦官擔任，主持東廠的太監被廠內的人稱為“督主”或者“廠公”，他的底下設掌刑千戶一名，理刑百戶一名，這兩個人都是從錦衣衛選拔過來的。再下面是掌班、領班、司房四十多人，分為子醜寅卯十二顆，顆管事戴圓帽，著皂靴，穿褐衫。其餘的人靴帽相同，但穿直身，這些人也是由錦衣衛中挑選的精幹分子組成。所以，當身穿東廠服裝或錦衣衛服裝的人出現時，老百姓與當地的地方官都躲得遠遠的，生怕被這些人找茬抓起來。 而錦衣衛基本都是正常人，頭子稱為指揮使。一般由皇帝信任的武將擔任。 東廠和錦衣衛其實都算不上是什麼官職，他們只是皇帝的特務，是皇帝個人的狗罷了。具體說： 在與錦衣衛的關係上，東廠則是後來居上。由於東廠廠主與皇帝的關係密切，又身處皇宮大內，更容易得到皇帝的信任。東廠和錦衣衛的關係，逐漸由平級變成了上下級關係，在宦官權傾朝野的年代，錦衣衛指揮使見了東廠廠主甚至要下跪叩頭。權在錦衣衛上。