使用加溼器時，最好還是倒入純淨水或蒸餾水等含礦物質、雜質較少的水。不過加溼器是可以新增自來水的，但自來水中的礦物質可能會影響機器運轉，會對加溼器有損害，特別是有濾芯的加溼器，這樣會縮短加溼器的壽命。

自來水裡含有許多如金屬離子、矽等雜質，這些雜質會透過加溼器打成霧滴被吸入呼吸道里，引起氣管收縮，出現咳嗽、胸悶等症狀。如果是哮喘病人，易引發哮喘；如果是面板過敏患者，還易加重過敏症狀。

加溼器用純淨水，而不能用自來水的另一種原因是，如果水質較硬，在使用中會產生白色粉末狀雜質，影響加溼質量，也會縮短加溼器使用壽命。另外香水、精油等含有化學成分的物質應避免。

另外需要注意的是：加溼器長時間不用時，水箱不要存水，更不要將含有香水或精油的水滯留水箱。含化學成分的水，會造成水箱和底座著水部位出現裂縫，影響正常運轉。儲存加溼器時要將著水部位清洗乾淨、擦乾，或放置通風處風乾，再裝入包裝箱，不要用塑膠袋包裝儲存。

“加料”的不當使用加溼器，比如隨意加入醋、板藍根、風油精等，改變正常的空氣環境，會造成人體不適，尤其是過敏體質的人，極易出現呼吸道疾病。燻醋濃度過高、時間過長，會刺激呼吸道，導致氣管炎、慢阻肺、哮喘等疾病急性發作。