由於柑橘黃龍病是檢疫性病害，病害發生後，目前還沒有有效的防治方法。因此，在防控措施上最重要的是把檢疫措施放在第一位。根據有關檢疫法規要求，應嚴禁病害發生區的種苗調出，嚴防病苗病穗傳入無病區；在新發展的無病區橘園，更應對調入新區的柑橘苗木、接穗實施嚴格的檢疫。第二，建立相對隔離的無病苗木繁殖基地。基地必須設在非病區，並要求無傳毒昆蟲——木蝨；砧木種子應採自無病樹，並用50～52℃熱水浸5分鐘後，再用55～56℃熱水浸泡50分鐘；接穗應採自經過鑑定無毒的高產、優質母樹上。如果在病區建園，要在整片植株全部清除1年後進行。第三，加強栽培管理，使枝梢抽發整齊，防治柑橘木蝨。在每次嫩梢抽發期，用90%晶體敵百蟲800倍液或25%亞胺硫磷乳油400倍液、200倍液魚藤菌素、松脂合劑15～20倍液，進行防治。第四，發現病樹，應及時向檢疫部門報告，並及時挖除病樹。重病園全園挖除，對輕病樹，也可用四環素治療，但並不能收到很好的效果。其方法是在主幹基部鑽孔，孔深為主幹直徑的2/3左右，然後從孔口用加壓注射器注入藥液。每株成年樹注射0.001鹽酸四環素溶液2～5升。