首先，光纖差動保護的原理和一般的縱聯差動保護原理基本上是一樣的，都是保護裝置透過計算三相電流的變化，判斷三相電流的向量和是否為零來確定是否動作，當接在電流互感器的二次側的電流繼電器（包括零序電流）中有電流流過達到保護動作整定值是，保護就動作，跳開故障線路的開關。即使是微機保護裝置，其原理也是這樣的。

但是，光纖差動保護採用分相電流差動元件作為快速主保護，並採用pcm光纖或光纜作為通道，使其動作速度更快，因而是短線路的主保護！另外，光纖差動保護和其它差動保護的不同之處，還在於所採用的通道形式不同。縱聯保護的通道一般有以下幾種型別：

1.電力線載波縱聯保護，也就是常說的高頻保護，利用電力輸電線路作為通道傳輸高頻訊號；

2.微波縱聯保護，簡稱微波保護，利用無線通道，需要天線無線傳輸；

3.光纖縱聯保護，簡稱光纖保護，利用光纖光纜作為通道；

4.導引線縱聯保護，簡稱導引線保護，利用導引線直接比較線路兩端電流的幅值和相位，以判別區內、區外故障。