先是透過肉眼觀察。一般來講，雌雄魚的個頭差異很大，雌魚體型相對比雄魚要大上許多，雄魚一般個頭都不大，形體略長，而雌魚一般形體是短而圓。接著可以看顏色，如果是觀賞魚類，雄魚會一直保持鮮豔顏色，而雌魚過來配偶期，顏色就會逐漸變淡，學術上叫“婚姻色”。

想要更準確的辨別公母，最簡單有效的方法還是看生殖孔。雌性一般比較圓而且是微微凸起形狀，雄魚一般小而長，呈凸型。這是比較科學有效的辦法。

還可以透過手感來辨別。用手輕託魚的腹部，中指和無名指感觸到雄魚腹部有一條明顯的硬線，雌魚則腹部較軟。雄魚胸鰭稍尖長，胸鰭第一根鰭刺較粗硬；雌魚呈短圓形，胸鰭第一根鰭刺不太硬。

有經驗的人還可以透過追星來分辨。隨著氣溫的升高，魚在產卵期會出現第二性特徵--追星，這是表皮細胞特別肥厚和角質化的結果，也是一種比較準確的辨別方法。雄魚的追星出現在胸鰭第一根刺和鰓蓋邊緣，多時整個胸鰭每個鰭條上都長有追星，前端的明顯。

除此以外還有雌雄同體和性逆轉的情況，常見的黃鱔和石斑魚就是性逆轉的典型，這就不在解釋範圍之內。