清朝在1662年統一全國後，劃前朝的兩京十三布政使司為十八個行省，省下設道、府（州）、縣。清代省以下的各級行政區劃單位基本上是沿用明制：省下轄府和直隸州，府下領散州和縣。所以府(州）的行政長官設知府、同知、通判等官，與府平行的有直隸廳，設同知、通判。府以下為縣，設知縣、縣丞、主簿等官，與縣平行的為散廳，設定同直隸廳。

明清時期，刑部、都察院和大理寺並稱為“三法司”。刑部相當於司法部+法院檢察院系統+公安部，刑部執掌全國的法律事務，管理地方上訴案件，稽核地方上的大案要案和發生在京城的笞杖以上的重案，並且審理中央官員違法犯罪的案件，刑部最高長官有兩人，一人為滿洲人，稱“刑部滿尚書”，另一人是漢人，稱“刑部漢尚書”；都察院的主要職責是評議官員，有點類似與今天的紀委，但也不近然，實際上他還附帶著人大代表的職責，都察院是清朝的中央監察機關，主管官員為左都御史，都察院有權監督刑部裁決的案件；大理寺相當於現代的最高法院，明清時期的大理寺主要職責是複核刑部準備判處死刑的案件，其長官稱為大理寺卿。