真菌類藥物廣泛，通常所說的藥用真菌多限於在生長髮育的一定階段能夠形成個體較大的子實體或菌核結構的高等真菌，其中大部分屬於擔子菌亞門，少數屬於子囊菌亞門，在酵母等其他真菌中也有少數種具藥用價值。能產生抗生素的真菌作為藥物歷史悠久。早在2500年前，中國就已採用酒麴治療腸胃病。中國東漢初期的《神農本草經》及以後歷代本草書內就記載有靈芝，常用的種類有赤芝、紫芝、茯苓、豬苓、雷丸、大禿馬勃、紫色禿馬勃、冬蟲夏草、殭蠶、香菇、木耳以及蟬花等，這些藥用真菌都經歷了長期的醫療實踐，療效得到了充分的驗證，至今仍被廣泛地應用。臨床上常用的藥用真菌還有銀耳、麥角、落葉松蕈、空柄假牛肝菌、大紅菇、白乳菇、竹黃和糖谷老等百餘種。

藥用真菌按其功效可分成滋補強壯類：如冬蟲夏草、銀耳、靈芝等；利尿滲溼類：如豬苓、粟白髮等；止血活血消炎祛痛類：如麥角、肉球菌、木耳、安絡小皮傘、馬勃、硃紅栓菌；止咳化痰類：如金耳、竹黃；安神類：如茯苓；驅蟲類：如雷丸；祛風溼類：如空柄假牛肝菌、大紅菇；平肝息風類:如蟬花、變綠紅菇；降血壓類:如草菇；調節機體代謝類：如蜜環菌、香菇、雞油菌等。