般的轉錄組測序可以得到大量差異表達基因和調控代謝通路，但由於基因與表型難以直接關聯，導致關鍵訊號通路難以確定，因此往往達不到預期研究目的。相信很多做過轉錄組測序的老師都深有體會。總感覺中間缺少了一步？沒錯，就是代謝物！代謝物是基因型與表型之間的橋樑，代謝物的變化更能直接揭示基因的功能，因此能夠更有效地揭示生物學及其生化、分子機理。在植物研究中，目前代謝組+轉錄組的策略已經被廣泛運用於植物生理、生長髮育、及逆境脅迫研究中。

那麼如何進行代謝組與轉錄組的關聯分析？總的來說，是基於“參與同一生物過程中的基因或代謝物具有相同或相似的變化規律”這一原理進行分析的。舉個例子，研究不同顏色品種的菊花顏色差異的原因，首先透過代謝物檢測，發現不同顏色品種的菊花積累的花青素型別和含量並不一致；然後進行轉錄組測序，在眾多差異基因及代謝通路中，我們可以重點研究與花青素合成相關的代謝通路上的基因，從而一方面快狠準地找到導致顏色差異的功能基因，另一方面代謝組的結果也相當於是對轉錄組結果的驗證。