大豆經水浸生成大豆芽後，各種有害因子亦可大部分被去除，因而黃豆芽中的蛋白質利用率比大豆蛋白質利用率提高5～10%，且所含不易消化的多糖物質，在發芽過程中急劇下降以至消失，避免了吃大豆腹脹和過敏等現象。黃豆芽在發芽過程中由於酶的作用，使更多的礦物質被釋放出來，易於被人體利用，同時維生素C、B2、煙酸及胡蘿蔔素均成倍地增加，所以豆芽菜是可與綠葉菜相媲美的佳蔬。同時，黃豆中本來沒有的還原性維生素C含量大大增加，可促進鈣的吸收和利用。

黃豆經3~4天發芽，維生素C、氨基酸的含量為最高，此時豆芽長度為3~4釐米，吃之口感也特別好，若過了這一階段，豆芽發得越長，其有益成分損失就越多。在發芽的三到四天中，蛋白質、脂肪含量基本不變，但是黃豆中原來不易被吸收的物質起了變化，甚至非常有利吸收利用。由於對人體有益的成分不斷出現或增加，使黃豆中更多的磷、鋅等礦物質被釋放出來，維生素含量的變化最大，胡蘿蔔素增加2至3倍，維生素B2增加2至5倍，煙酸增加2.5倍多，維生素B12增加9至10倍。