啟動子的位置和作用：是位於結構基因5"端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之與模板DNA準確的結合並具有轉錄起始的特異性。

終止子的位置和作用：位於poly(A)位點下游，長度在數百鹼基以內。 在原核中，發現終止訊號存在於RNA真核中的聚合酶已經轉錄過的序列之中。能提供終止訊號。

這兩者的化學本質都是一段由鹼基構成的DNA序列。

關於啟動子和終止子涉及的轉錄過程：轉錄的起始是基因表達的關鍵階段，而這一階段的重要問題是RNA聚合酶與啟動子的相互作用:啟動子的結構影響了它與RNA聚合酶的親和力，從而影響了基因表達的水平。終止子可分為兩類。一類不依賴於蛋白質輔因子就能實現終止作用。另一類則依賴蛋白輔因子才能實現終止作用。這種蛋白質輔因子稱為釋放因子，通常又稱ρ因子。 兩類終止子有共同的序列特徵。在轉錄終止點前有一段迴文序列。迴文序列的兩個重複部分(每個7~20bp)由幾個不重複的bp節段隔開。迴文序列的對稱軸一般距轉錄終止點16~24bp。