除古蕨類遺體在地層中形成的煤為人類提供了豐富的能源外，還有多方面經濟價值。多種蕨類可作藥用。如海金沙可治尿道感染、尿道結石；骨碎補能堅骨補腎、活血止痛；用卷柏外敷治刀傷出血；用貫眾治蟲積腹痛和流感；鱗毛蕨及其近緣種的根狀莖煎湯，為治療牛羊的肝蛭病的特效藥。蕨、菜蕨、水蕨、紫萁及觀音蓮座等都可食用，許多種蕨的根狀莖中富含澱粉，稱蕨粉或山粉，不但可食，還可作釀酒的原料。石松的孢子稱石松子粉，含有大量油脂，可作冶金工業上的優良脫模劑，使鑄件表面光滑，減少砂眼。木賊的莖含矽質較多，可作木器和金屬的磨光劑。滿江紅屬蕨類透過與固氮藍藻共生，能從空氣中吸取和積累大量的氮，既是優質的綠肥，又是豬、鴨等畜禽的良好飼料。

　　蕨類植物的生活對外界環境條件的反應具有高度的敏感性，不少種類可作為指示植物。如卷柏、石韋、鐵線蕨是鈣質土的指示植物，狗脊、芒萁、石松等是酸性土的指示植物，桫欏與地耳蕨屬的生長，指示熱帶和亞熱帶的氣候。蕨類植物枝葉青翠，形態奇特優雅，常在庭院、溫室栽培或製作成盆景，具有較高的觀賞價值。