土壤消毒我們常用的是生石灰，選擇在冬季病菌休眠期，或早春病菌復甦期消毒效果最佳，生石灰主要成分為氧化鈣，遇水後會產生大量的熱和俗稱“熟石灰”的氫氧化鈣。由於氫氧化鈣呈強鹼性，大多數病菌在此條件下難以生存，因此生石灰可起到很好的消毒效果。

使用生石灰應注意以下幾點：

一、購買生石灰時，要挑選純度高、雜質少、質地輕的。

二、生石灰長期暴露在空氣中，會逐漸變成粉末狀，起不到應有的殺菌效果。因此每次在購買生石灰時應計算好用量，儘量一次用完。

三、生石灰用於土壤消毒必須控制好用量 ，生石灰用量過大，會導致土壤鹼性過強，致使磷、鋅、鎂、鐵、硼等作物必需的營養元素被土壤固定，進而導致作物生長不良。因此使用生石灰消毒，應考慮土壤本身的酸鹼度，並控制好生石灰的用量。如果土壤偏鹼性（pH值超過7.5），就不能用生石灰消毒；如果土壤為中性（pH值為7.0）至微酸性（pH值小於7.0），可以用生石灰消毒；如果土壤明顯偏酸性，可適當加大生石灰用量，但每畝用量不宜超過200公斤。

四、生石灰不能與發酵腐熟的糞肥混合使用，不能與銨態氮肥、磷肥混用 。