牡丹的應用最早是從藥用開始的。《神農本草經》中已有記載。藥用部分是牡丹的根皮，稱為丹皮，含有多種藥用成分，主要藥用部分是牡丹酚（C9H10O3），牡丹酚甙、牡丹酚原甙、芍藥甙，並含揮發性及植物甾醇等，以安徽銅陵鳳凰山生產的丹皮最佳，另有四川墊江、安徽亳州、山東菏澤等處多產丹皮。　　

丹皮具有抗菌消炎、鎮靜鎮痛、降血壓、抗痙攣、清熱化瘀等功效，還具有防腐功能，是名貴的中藥材。目前，應用丹皮已發明了幾十個處方，同時，牡丹皮的藥用研究在化學成分、藥理作用等方面，取得了一定進展，其抗脈粥樣硬化、降血壓、降血糖、抗驚厥、保肝、利尿、抗菌消炎、心肌細胞保護，對血液流變性，對腦組織保護等作用已被實驗研究所證實，為牡丹皮的進一步開發提供了實驗依據。　　

牡丹花含有豐富的營養物質，有很高的藥用價值和食用價值。目前，食牡丹花現象隨處可見已日漸成為一種時尚，並形成了許多配方，牡丹花做成牡丹飲料、牡丹花茶、牡丹花酒、牡丹醬及牡丹鮮花糕點，食用不僅有保健功能，而且可食用花香濃郁的花瓣。經過多年摸索，已制定出完善的配方和完備的工藝流程。目前牡丹鮮花月餅及牡丹醬已批次生產。