化學清除法： 使用除藻劑，效果普通，優點是對任何藻類都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻類。缺點是依據品質不同對魚和生態平衡有一定程度的衝擊。

生物清除法〔最佳方式〕： 使用除藻動物來控制藻類的數量，所花費時間較長，但最安全也最省力的方式。以下介紹幾種常用的除藻生物。

（1.）蘋果螺：除藻能力弱，且便便極多，但優點是容易繁殖，可以數量取勝。（2）白玉飛狐：吸壁魚類的一種，體型稍大，號稱能夠有效清除黑毛藻。

（3）小精靈：吸壁魚類的一種，好養，喜食清苔，為清藻魚類中較為有效的一種。（4）琵琶鼠、黃金琵琶鼠：吸壁魚類的一種，俗稱垃圾魚，異形的一種，生存力極強，且可在臺灣溪流中繁衍，是為臺灣生態浩劫的代表魚。同時也是清藻魚類最大的，可以長到45~60cm長，清藻功能普通，食量奇大，與清苔鼠有同樣的問題，所以除藻功能會更弱，絕不建議使用此種魚類。 （5）黑殼蝦：除藻功能普通，推薦使用於草缸處理腐敗之葉片，對於小細縫及葉片上的藻類有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有帶菌的問題。（6）大和藻蝦：除藻功能與黑殼蝦差不多，體型較黑殼蝦大。