現在的醫院，針對腸道菌群的狀況，還沒有可以使用的檢查方法。腸道菌群的檢查方法，目前僅限於科學研究。而科學研究所用的檢查方法，一般來說主要是用聚合酶鏈反應（PCR）測16S RNA或其他一些菌種鑑定的辦法，以判斷腸道菌群的組成和比例。

研究表明，腸道菌群失調可能和很多的疾病相關，包括肥胖、糖尿病、腹瀉、脂肪肝、肝衰竭、消化不良和一些代謝、自身免疫等疾病，都有或大或小的聯絡。目前這方面的研究，還僅僅處於對初步結論的判斷階段，不足以透過腸道菌群的檢查來判斷有沒有這些疾病的風險，或者給這些疾病提供一些治療方面的依據。

糞便移植是最近針對腸道菌群失調診治的比較熱門的領域，其原理是透過健康人的糞便進行濃縮等處理，把適當比例配置的正常菌群移植入患有相關疾病的人的腸道內，以建立正常、穩定的腸道菌群，維護人體正常的生理功能。

如果想要做腸道細菌方面的檢查，醫院只能做糞便培養和對培養出來的細菌進行鑑定，後期的菌群組成，需要藉助計算機及軟體進行分析處理，這個工程是浩大而很複雜的。