一.生物型別的不同， 細菌沒有核膜包圍形成的細胞核，屬於原核生物；真菌有核膜包圍形成的細胞核，屬於真核生物。 細菌全部是由單個細胞構成，為單細胞型生物； 真菌既有由單個細胞構成的單細胞型生物（如酵母菌），也有由多個細胞構成的多細胞型生物（如食用菌、黴菌等）。

二.細胞結構不同， 細菌和真菌都具有細胞結構，屬於細胞型生物，在它們的細胞結構中都具有細胞壁、細胞膜、細胞質，但卻存在諸多不同，具體表現在： 是細胞壁的成分不同：細菌細胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細胞壁的主要成分是幾丁質 是細胞質中的細胞器組成不同：細菌只有核糖體一種細胞器；而真菌除具有核糖體外，還有內質網、高爾基體、線粒體、中心體等多種細胞器。 3.是細菌沒有染色體，其DNA分子單獨存在；真菌細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體（染色質）。

三.增殖方式不同， 細菌是原核生物，為單細胞型生物，透過細胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌為真核生物，細胞的增殖主要透過有絲分裂進行， 因真菌種類的不同其個體增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。 ：——細菌 ：——真菌