一、分類不同1、真菌：最常見的真菌是各類蕈類，另外真菌也包括黴菌和酵母。2、原生生物：可分為三大類，藻類、原生動物類、原生菌類。二、特點不同1、真菌：真菌的細胞有含甲殼素（又叫幾丁質、甲殼素、殼多糖）為主要成分的細胞壁，和植物的細胞壁主要是由纖維素組成的不同。2、原生生物：原生生物包括簡單的真核生物(即具有真正的細胞核，以核膜為界限的細胞核)，多為單細胞生物，亦有部分是多細胞的，但不具組織分化。這個界別是真核生物中最低等的。擴充套件資料：原生菌類如黏菌(slime molds) 和水黴 (water molds)，他們的外表特徵與菌物界的成員相似，且皆為異養，儲藏肝醣，細胞壁含纖維素與幾丁質 (chitin)，因此有些分類學家仍將黏菌與水黴歸在菌物界。但他們與菌物界的成員的關係並不密切，如他們有遊走細胞(swiwming cells)，具鞭毛。或行變形蟲運動，而與菌類不同 ; 黏菌有吞噬作用，吞入固體食物，而菌類則分泌酵素，將食物分解而行吸收。此外，有些水黴會儲藏一種碳水化合物——海帶多糖（mycolaminarin），此物質很像褐藻中的儲藏物質，但與菌類、植物、動物都不同。黏菌和水黴傳統上被視為菌類，但經由以上特徵，他們較適合歸在原生生物界。