如果按版本分的話
《口袋妖怪紅寶石》《口袋妖怪綠寶石》《口袋妖怪藍寶石》
《口袋妖怪火紅》《口袋妖怪葉綠》
紅、藍寶石是GBA上的口袋正統續作，其後的火紅、葉綠是初代GB遊戲紅、綠的復刻作品，系統上用的是紅藍寶石的系統，劇情與紅、綠基本相同。再後的綠寶石是紅、藍寶石的資料篇，相當於GB時代的黃之於紅、綠，GBC時代的水晶之於金、銀，即只需單卡就可基本集齊原本需要紅藍寶石兩個版本通訊才能完成的圖鑑，並且系統上比紅藍寶石和火紅葉綠有所進化，如果你是初次玩口袋系列又無法玩到NDS上的鑽石、珍珠的話建議玩口袋妖怪綠寶石，這是NDS之前口袋遊戲的集大成之作。
補充：紅寶石裡的反派組織為以喚醒超古代怪獸古拉頓而擴大大陸面積的熔岩團，藍寶石裡則是妄圖以另一隻超古代怪獸海皇牙（學名蓋歐卡）來擴大海洋的海洋團。綠寶石則是兩者皆有，並且最後依靠第三隻超古代神獸——天空之龍烈空座的力量阻止了兩隻神獸的海陸大沖撞。另外，只有綠寶石是可以抓全這三隻主角神獸的。
如果按版本分的話
《口袋妖怪紅寶石》《口袋妖怪綠寶石》《口袋妖怪藍寶石》
《口袋妖怪火紅》《口袋妖怪葉綠》
紅、藍寶石是GBA上的口袋正統續作，其後的火紅、葉綠是初代GB遊戲紅、綠的復刻作品，系統上用的是紅藍寶石的系統，劇情與紅、綠基本相同。再後的綠寶石是紅、藍寶石的資料篇，相當於GB時代的黃之於紅、綠，GBC時代的水晶之於金、銀，即只需單卡就可基本集齊原本需要紅藍寶石兩個版本通訊才能完成的圖鑑，並且系統上比紅藍寶石和火紅葉綠有所進化，如果你是初次玩口袋系列又無法玩到NDS上的鑽石、珍珠的話建議玩口袋妖怪綠寶石，這是NDS之前口袋遊戲的集大成之作。
補充：紅寶石裡的反派組織為以喚醒超古代怪獸古拉頓而擴大大陸面積的熔岩團，藍寶石裡則是妄圖以另一隻超古代怪獸海皇牙（學名蓋歐卡）來擴大海洋的海洋團。綠寶石則是兩者皆有，並且最後依靠第三隻超古代神獸——天空之龍烈空座的力量阻止了兩隻神獸的海陸大沖撞。另外，只有綠寶石是可以抓全這三隻主角神獸的。