1、初審申報：參保單位或參保個人首次申請須在每季度最後一個月15日以前，憑《醫保手冊》到初審醫院醫保科領取表格並完整填寫《特殊病種門診申請表》，同時備齊申報病種的相關病歷資料（或影印件）、一張近期1寸免冠照片，選定一家定點醫院和一家特殊病種門診服務藥店就醫、購藥。異地安置人員特門申報由單位醫保專幹或本人到本市本級特門初審鑑定醫院醫保科辦理相關手續。

2、醫院初審：初審醫院收齊申請人的相應資料後，組織本院醫療專家診查並初步鑑定。

3、專家評審：市醫療保險處每季季末組織本市城鎮職工基本醫療保險專家委員會進行集中評審，專家委員會根據特門確認標準進行逐個審定。

4、發放《特殊病種門診專用病歷》：經市專家委員會評審透過的，特門申請人在下個季度第一個5個工作日以後，攜帶《醫保手冊》到市醫療保險處領取《特殊病種門診專用病歷》評審透過者於當月開始享受基本醫療保險特殊病種門診待遇。經市專家委員會評審未透過的，註明未批准的原因並書面告知，同時將病歷資料退回申請人。

5、特殊病種續辦程式：特殊病種門診A、B類有效期為兩年，C類有效期為一年。病情未愈須繼續治療的，需要辦理續辦手續。