本病的病因尚不明確，有病毒、細菌、變態反應、自家免疫、社會環境因素等學說。從免疫角度上來看，本病患者縱隔充氣造影可見胸腺增大，病理組織學發現胸腺淋巴濾泡的百分率高達71%。在末梢血，中性白細胞的遊走功能亢進，中性白細胞內溶酶體酶活性亢進，出現免疫複合體，抑制性T細胞缺乏。對包括白塞病在內的炎症性腸疾病，使用魯米諾對末梢血的中性白細胞進行PMA刺激，對伴隨其吞噬作用發出的光子量進行化學發光研究，結果在白塞病者活性有意義地升高。此時，由於發生活性氧，引起包括血管內皮細胞在內的組織損害。病理上把白塞病腸潰瘍分為壞死型、肉芽腫型以及混合型。壞死型為急性、亞急性病變，肉芽腫型為慢性病變，混合型介於二者之間。鏡下可見腸黏膜水腫，黏膜固有層和黏膜下組織內的腸淋巴管擴張。腸的血管病變為伴隨潰瘍出現的血管炎性變化，主要表現為血管內膜的肥厚。以黏膜下組織的血管，特別是靜脈為明顯。這種血管的病變與潰瘍的大小無關，受時間推移的影響，急性期潰瘍(壞死型)的血管病變比慢性期潰瘍(肉芽腫型)血管炎性病變為輕。潰瘍越深，血管病變越明顯。而無潰瘍的腸黏膜，多見不到明顯血管炎性變化。這種血管病變與肺結核、克羅恩病、潰瘍性結腸炎的血管病變基本上無太大差異。