腦幹的功能與脊髓相似，也有反射與傳導兩種功能。腦幹的反射功能遠較脊髓的複雜，尤其是延髓網狀結構記憶體在重要反射中樞，如心血管活動中樞、呼吸中樞等。下面主要介紹與臨床有關的腦幹反射：角膜反射、咽反射。瞳孔對光反射將在視覺傳導路中敘述。

1．角膜反射：角膜反射是以棉花輕觸一側眼球的角膜，引起雙眼閉合。

其反射通路是：

角膜→三叉神經的眼神經→三叉神經腦橋核及脊束核→兩側面神經核→兩側面神經→兩側眼輪匝肌。

刺激一側眼球角膜，可引起兩眼閉合，其中刺激側的反應稱直接角膜反射，未刺激側的反應稱間接角膜反射。

2．咽反射： 咽反射是用壓舌板輕觸咽後壁，引起軟顎或顎垂上提及嘔吐的動作。

其反射通路是：咽後壁→舌咽神經及迷走神經→孤束核→疑核→舌咽神經、迷走神經→軟顎肌、嚥肌。

該反射弧任何一部分受損，咽反射即消失，如其中的傳出神經受損，還伴有患側軟顎低於健側、顎垂偏向健側、吞嚥困難、嗆咳等。

3．瞳孔對光反射：見視覺傳導路。