比較基因組雜交（comparativegenomichybridization,CGH）是自1992年後發展起來的一種分子細胞遺傳學技術，它透過單一的一次雜交可對某一腫瘤整個基因組的染色體複製數量的變化進行檢查。其基本原理是用不同的熒光染料透過缺口平移法分別標記腫瘤組織和正常細胞或組織的DNA製成探針，並與正常人的間期染色體進行共雜交，以在染色體上顯示的腫瘤與正常對照的熒光強度的不同來反映整個腫瘤基因組DNA表達狀況的變化，再借助於影象分析技術可對染色體複製數量的變化進行定量研究。CGH技術的優點：1.實驗所需DNA樣本量較少，做單一的一次雜交即可檢查腫瘤整個基因組的染色體複製數量的變化。2.此法不僅適用於外周血、培養細胞和新鮮組織樣本的研究，還可用於對存檔組織的研究，也可用於因DNA量過少而經PCR擴增的樣本的研究。CGH技術的侷限性：CGH技術所能檢測到的最小的DNA擴增或丟失是在3-5Mb,故對於低水平的DNA擴增和小片段的丟失會漏檢。此外在相差染色體的複製數量無變化時，CGH技術不能檢測出平等染色體的易位（就是姐妹染色單體同源序列的互換）。