適用條件：系統聚類法適於二維有序樣品聚類的樣品個數比較均勻。K均值聚類法適用於快速高效，特別是大量資料時使用。

兩者區別如下：

一、指代不同

1、K均值聚類法：是一種迭代求解的聚類分析演算法。

2、系統聚類法：又叫分層聚類法，聚類分析的一種方法。

二、步驟不同

1、K均值聚類法：步驟是隨機選取K個物件作為初始的聚類中心，然後計算每個物件與各個種子聚類中心之間的距離，把每個物件分配給距離它最近的聚類中心。

2、系統聚類法：開始時把每個樣品作為一類，然後把最靠近的樣品（即距離最小的群品）首先聚為小類，再將已聚合的小類按其類間距離再合併，不斷繼續下去，最後把一切子類都聚合到一個大類。

三、目的不同

1、K均值聚類法：終止條件可以是沒有（或最小數目）物件被重新分配給不同的聚類，沒有（或最小數目）聚類中心再發生變化，誤差平方和區域性最小。

2、系統聚類法：是以距離為相似統計量時，確定新類與其他各類之間距離的方法，如最短距離法、最長距離法、中間距離法、重心法、群平均法、離差平方和法、歐氏距離等。