因為皮蛋是用鹼性物質浸製而成，蛋內飽含水分，若放在冰箱內貯存，如果溫度太低，水分會逐漸結冰，從而改變皮蛋原有的滋味。而且，低溫還會影響皮蛋的色澤，容易使皮蛋變成黃色。所以，冰箱內不宜存放皮蛋。如果想放冰箱裡也不是不可以，在裝皮蛋時用個安扣保鮮盒存放就行，密封儲存在冰箱裡，一般可儲存3個月左右並且風味不變。

有的家庭把皮蛋放到冰箱裡儲存，甚至冷凍起來，以為這樣可以長期貯存而不變質。實際上恰恰相反，因為皮蛋是由鹼性物質浸泡而成的，蛋的內容物凝成膠狀體，含水分約70％左右，經冷凍以後，水分會逐漸結冰。此時將皮蛋拿出來吃，冰會逐漸融化，其膠狀體就會變成蜂窩狀，改變了皮蛋原有的醇厚清香的風味，降低了食用價值。而且低溫會使皮蛋色澤變黃，口感變硬，同正常的皮蛋差異極大。正確的儲存皮蛋的方法應該是： 如果有吃不完，需要儲存一段時間的皮蛋，可以放在塑膠袋裡面，密封儲存，一般可儲存3個月左右並且風味不變。避免Sunny直射，放在陰涼通風處即可。

一旦皮蛋變質了，一定不可以再食用，不然會危機生命，所以建議在每次購買皮蛋的時候不僅要看保質期還要注意不要一次性買太多了。