三級甲等醫院與三級專業醫院，都是特別好的醫院。專科醫院指專門從事某一病種診療的醫院，綜合型醫院為從事各病種診療的醫院。如果需要對比選擇，可以根據自己需要檢查的病情，根據兩個醫院對應科室的水平排名來參考。

中國依據醫院功能、設施、技術力量等對醫院資質評定指標。綜合性醫院根據評級分三級（一級醫院、二級醫院、三級醫院），一級最低，三級最高。每一個級別中又分甲乙丙三個檔次，理論上三級甲等就是最高級別的醫院了。

專科醫院，指的是隻做某一個或少數幾個醫學分科的醫院。醫學分很多科室，如內科，外科等，而內科、外科又可以分成更細的科室，如外科有骨科、普外、胸外，顱外，泌尿外科等多種，專科醫院就是隻做這些分科中的專一一個科室的疾病，不像綜合醫院，分科齊全。

三級甲等醫院評定時除了看床位多少等指標外，也會看科室是否齊全。綜合性醫院當然什麼科都有，而專科醫院就不一定了，例如全世界最牛的兒童醫院也不太可能專門設一個乳腺外科對吧？所以專科醫院只定級而不分甲乙丙檔次。