為什麼朱三太子在清朝的時候會流傳那麼廣，原因就在於明朝滅亡的時候，崇禎帝的長子（皇太子）第三子以及第四子下落不明，崇禎帝先後有過七個兒子，最後倖存下來的是三個，不過皇太子和皇四子都已經先後被清軍俘虜，所以只剩下一個皇三子，而有傳言說朱三太子流落民間，所以到了清朝的時候各路反清勢力開始使用朱三太子的名義。

康熙朝先後發生過很多次以朱三太子為名義的起義，不過最有可能是真正的朱三太子的是發生於康熙四十七年的朱三太子案，明清內閣大庫檔案中有一些散落的關於朱三太子案的殘件，根據這些檔案可以看到一些關於朱三太子的資訊，包括他曾經被義軍將領帶到河南種地，後來又輾轉來到浙江，過起了忽僧忽俗的生活，並且改姓王。而且在這個朱三太子被抓獲後，一家女眷全部投井而死，這就足以說明這個朱三太子的身份不一般，如果不是知道肯定是死罪，家裡的女眷又怎麼會如此極端放棄自己的生命。

小編認為，朱三太子其人是真實存在的，而且很有可能就是康熙四十七年所抓獲的這一位。不過實際上歷史上是不是真實存在朱三太子這個人並不是非常重要，重要的是朱三太子這個政治符號對於明朝移民的重要性，同時理解朱三太子現象也是理解清初政治的一個重要抓手。

朱三太子是明思宗朱由檢第三子，清朝預斬草除根明朝後裔。他們認為朱三太子是清朝後患。

朱慈煥，明思宗朱由檢第三子、母莊烈愍皇后周氏。崇禎十六年(1643年)封為定王，別名朱三太子。

崇禎十七年(1644年)，甲申之變，流寇攻入京師，李自成封朱慈炯為定安公，李自成敗退時不知所終，南明年間追封為定哀王。

身為一個失蹤的明朝皇室嫡系，他的綽號朱三太子更為有名，有關他起兵反清復明的謠言一直困擾著清初政府。不過明亡後，民間所謂的朱三太子，更常是指朱由檢的第五個兒子朱慈煥。

朱三太子案是發生在中國清代康熙時的反清事件。

清初，流傳明崇禎帝第三子尚在民間 ， 一些人即以朱三太子為號召， 舉兵抗清，清廷大力搜捕，史稱朱三太子案 。

康熙十二年冬( 1674年1月)，北京有楊起隆者，詐稱朱三太子，組織旗下奴僕、佃戶，密謀起事。因事機漏洩，為清廷鎮壓，起隆逃走。

十九年，在陝西漢中捕獲自稱朱三太子慈璊的反清者，迅即起隆，然清廷指其假冒，在京磔死。三藩亂時，福建蔡寅亦詐稱朱三太子，擁眾數萬，與臺灣鄭經勾通反清，被清軍擊敗於天寶山。康熙四十年後，江蘇太倉、浙江大嵐山等處反清力量均稱擁立朱三太子。四十七年正月，捕獲在浙江大嵐山起兵抗清的張念一(念一和尚)，四月，清廷根據他的口供在山東汶上縣捉獲張姓父子，指為起義軍所擁立之朱三，押解至浙審問。張供認本名朱慈煥，系崇禎帝四子，長期流落河南、浙江等地，先後改姓王、張，以課讀餬口，時年已75歲，與江南 、 浙江等處反清力量並無關係 。 但清廷指其偽冒明裔，以“通賊”罪仍將朱氏父子解京處死。朱三太子一案從此遂寢。