蘋果褐斑病較難防治的主要原因是目前還沒有特效的治療劑。預防時主要是雨前透過噴施“丙森鋅、代森錳鋅、波爾多液”等保護性殺菌劑，保護葉片不受病菌侵染。其次，就是降雨後及時噴施“戊唑醇、氟矽唑、吡唑醚菌脂”等內吸性殺菌劑剷除初侵染的病原菌。延誤最佳噴藥防治時機，病斑一旦顯症，再好的藥劑也難以控制。這是因為生產上多數化學殺菌劑的有效期為7-12天，如果遇持續降雨，在第1天的降雨中，這些殺菌劑能起到很好的保護效果，但到第3天降雨可使殘留在葉片表面的藥劑基本被沖刷乾淨。因而連陰雨時，保護性殺菌劑也無法保證蘋果葉片不受褐斑病菌侵染。透過多年實踐，我們總結出一個“笨辦法”，即就是套袋後每隔10-20天噴一次，噴藥時交替選用一個保護性殺菌劑，然後再加一個治療性殺菌劑。 波爾多液是雨季防治蘋果褐斑病公認的有效保護性殺菌劑，其最大優點是耐雨水衝涮，在連陰雨季節持效期長達15-20天。但是，波爾多液配置較為麻煩，且具有不穩定性，在陰雨及有霧天氣，葉片露水未乾或噴後馬上下雨，都會引起葉片上可溶性銅含量增加，導致葉片發生藥害，引起灼傷或枯焦現象。