自來也死亡是在：第353話，自來也豪傑物語，自來也不敵佩恩六道，不幸戰死。

劇情：

自來也雖然想出了一個對付培因的方法，卻也因此犧牲了左手，而培因的數量也增加為六名，其中一人過去曾是自來也的徒弟之一彌彥，然而彌彥同樣也擁有輪迴眼這件事讓自來也感到困惑。最終，自來也戰死。

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自來也戰敗經過：

後末自來也得知“曉”首領佩恩及成員小南的真正身份，原來是自己第二次忍界大戰末期在雨忍村所收的徒弟。

從前大蛤蟆仙人亦曾對自來也預言他會收一個獨當一面的孩子為徒，而這孩子會為忍界未來帶來空前的和平或毀滅，總會一天他就被迫要作出“選擇”他的選擇會將世界引向和平或者毀滅。

初時自來也以為眼前的佩恩，就是預言中的變革者，作出“選擇”的時刻也已經到了。故一場師徒之戰一觸即發。

自來也使出仙人模式，召來兩位蛤蟆仙人（深作及志麻大人）相助，成功打敗了三個佩恩，結果由於大意以及不瞭解佩恩六道的相關情報，所以不幸被打敗而犧牲。

但臨死前自己查出了佩恩六道及其本體的秘密（都是自己曾經遇到的忍者，六道均為屍體傀儡，受長門操控）。