找甲基化位點也就CpG島一般是有以下幾個方法：
1.MSP,亞硫酸氫鹽轉化後,將你想測的基因區域（如啟動子區）轉入細菌質粒中,進行測序（金標準）.挑克隆7/10是甲基化的克隆認為這個位點70%甲基化.大概可以測400+片段,但是問題是沒有辦法太精確,因為測得越多越精確,測太多太貴.
2.焦磷酸測序,這裡指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸測序,亞硫酸氫鹽轉化後,對於啟動子片段進行PCR擴增,測序,測出甲基化程度,儀器中Q24有FDA的認證,可以合作開發開發試劑盒.大概可以測60-70bp片段,勝在快速和穩定,但是引物設計成功率不高50%左右,適合小樣本.
3.MassARRAY平臺進行甲基化檢測,用的是質譜法,也是亞硫酸氫鹽轉化,針對目標片段可以最多到500bp,但是問題是要求樣本量一般比較大,位點數*樣本數要等於384才好做,至少大於300因為那東西一張片子384,用兩次就廢了,一週不用完也廢了.
4.甲基化晶片如果你一還沒有找到基因那你用這個做個初篩不錯.
5.甲基化測序,這個比較高階,也比較貴,25000一個,一般來說是去篩選未知的一些甲基化位點的方式,全基因組範疇,效果拔群.
找甲基化位點也就CpG島一般是有以下幾個方法：
1.MSP,亞硫酸氫鹽轉化後,將你想測的基因區域（如啟動子區）轉入細菌質粒中,進行測序（金標準）.挑克隆7/10是甲基化的克隆認為這個位點70%甲基化.大概可以測400+片段,但是問題是沒有辦法太精確,因為測得越多越精確,測太多太貴.
2.焦磷酸測序,這裡指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸測序,亞硫酸氫鹽轉化後,對於啟動子片段進行PCR擴增,測序,測出甲基化程度,儀器中Q24有FDA的認證,可以合作開發開發試劑盒.大概可以測60-70bp片段,勝在快速和穩定,但是引物設計成功率不高50%左右,適合小樣本.
3.MassARRAY平臺進行甲基化檢測,用的是質譜法,也是亞硫酸氫鹽轉化,針對目標片段可以最多到500bp,但是問題是要求樣本量一般比較大,位點數*樣本數要等於384才好做,至少大於300因為那東西一張片子384,用兩次就廢了,一週不用完也廢了.
4.甲基化晶片如果你一還沒有找到基因那你用這個做個初篩不錯.
5.甲基化測序,這個比較高階,也比較貴,25000一個,一般來說是去篩選未知的一些甲基化位點的方式,全基因組範疇,效果拔群.