粘膜免疫系統由腸粘膜相關淋巴組織（GALT）、支氣管粘膜相關淋巴組織（BALT）、眼結膜相關淋巴組織（CALT）和泌尿生殖道粘膜相關淋巴組織（UALT）四部分構成，它們在抗病毒免疫反應中起著非常重要的作用。粘膜免疫系統主要由粘膜結合淋巴組織（MALT）構成。所謂粘膜結合淋巴組織，即沿著呼吸道、消化道、泌尿生殖道粘膜上皮及某些外分泌腺（哈德氏腺、胰腺、乳腺、淚道、唾液腺分泌管等）分佈並廣泛存在於上皮下的淋巴組織，是粘膜接觸並攝取抗原和最初免疫應答產生的部位。粘膜免疫系統擔負著哨兵的責任，區分無害與有害以決定是放過去（耐受）還是攔下來（免疫反應）。粘膜免疫系統主要是透過產生分泌型IgA（sIgA）和IgM發揮作用， sIgA可以阻止微生物在粘膜上皮層駐紮繁殖，禁止它們進入上皮層。特殊的位置、極其重要的作用使粘膜免疫系統形成與外周免疫系統迥然不同的解剖學結構、淋巴細胞和免疫反應分子機制。從數量上說，粘膜免疫系統是免疫系統中最大的，這裡淋巴細胞的數量比其他部分的總和還要多，60%T細胞的工作崗位在粘膜。