一、分類不同1、真菌：最常見的真菌是各類蕈類，另外真菌也包括黴菌和酵母。2、原生生物：可分為三大類，藻類、原生動物類、原生菌類。二、特點不同1、真菌：真菌的細胞有含甲殼素（又叫幾丁質、甲殼素、殼多糖）為主要成分的細胞壁，和植物的細胞壁主要是由纖維素組成的不同。2、原生生物：原生生物包括簡單的真核生物(即具有真正的細胞核，以核膜為界限的細胞核)，多為單細胞生物，亦有部分是多細胞的，但不具組織分化。這個界別是真核生物中最低等的。擴充套件資料：真菌基本特點1、直接作用於菌體細胞抗生素則能選擇性地作用於菌體細胞DNA、 RNA和蛋白質合成系統的特定環節，干擾細胞的代謝作用，妨礙生命活動或使停止生長，甚至死亡。而不同於無選擇性的普通消毒劑或殺菌劑。2、具有選擇性抗生素的作用具有選擇性，不同抗生素對不同病原菌的作用不一樣。對某種抗生素敏感的病原菌種類稱為該抗生素的抗生譜（抗菌譜）。3、有效作用濃度抗生素是一種生理活性物質。各種抗生素一般都在很低濃度下對病原菌就發生作用，這是抗生素區別於其他化學殺菌劑的又一主要特點。各種抗生素對不同微生物的有效濃度各異，通常以抑制微生物生長的最低濃度作為抗生素的抗菌強度，簡稱有效濃度。有效濃度越低，表明抗菌作用越強。