朱丹在2006年10月8日與林涵結婚，自小就缺少安全感的她更是在結婚後看重的是呵護與關心，但是由於自己是主持人，丈夫林涵又是攝像記者，兩人都很忙，別說照顧彼此，怕是平時見上一面好好相處的時間都很少。所以在2007年3月，兩人的感情裂痕變大，不久便離了婚。

至於離婚原因媒體最大的推測就是因為新歡緋聞，這其中包括陶喆、宋柯、胡歌等人，但是被傳的最多的則是那個“郵件事件”，據說當時朱丹給陶喆寫了一封電郵，裡面的內容很曖昧，她不小心按錯了接收物件，最後發給了林涵，直接導致了這場婚姻的破裂。但是林涵的朋友則表示，兩個人之間的問題在陶喆出現前就有。

除了這種緋聞外，還有一個原因則與抑鬱症有關。由於童年時期父親過世、母親改嫁，一直缺少安全感的朱丹多多少少都有抑鬱情結，也就是說，尤其是在她結婚之後，她是特別敏感、多疑、特別需要愛護和照顧的，但是丈夫林涵可能由於工作原因疏忽了這一點，所以朱丹可能會在新的關心她的人身上找尋安全感。因為朱丹的名氣大於丈夫林涵，應酬與工作也會變多，就算丈夫林涵沒有自卑感，在朱丹接觸各色男星、男人之時，在傳出各種緋聞與議論時，心裡難免會不痛快的，最終他們之間的裂痕被越拉越大，最終徹底破裂分開。