目前中國栽培的烤煙品種對黑脛病和根結線蟲病有較高的抗性，如雲煙85、中煙100、中煙98、K346、K326等；抗青枯病的有K346、RG17、雲煙87等；抗赤星病的有中煙98、中煙101、雲煙85、RG17等。但這些品種普遍感染病毒病（TMV、CMV、PVY），經常造成較大經濟損失。雲南省菸草科學研究所近幾年選育出抗TMV的雜交種F1，有希望推廣種植。白肋煙推廣的鄂煙1號、TN90、鄂煙3號等對黑脛病有中等抗性，較抗TMV和氣候性斑點病。馬里蘭煙推廣的Md609，高抗黑脛病，感花葉病、氣候性斑點病和赤星病，Md872中抗黑脛病、抗花葉病、赤星病和氣候性斑點病。曬菸種植的品種較多，大都不抗黑脛病，但耐病毒病。香料煙品種Samsun、Bama感黑脛病和青枯病，病毒病和赤星病輕。
近20年來，對部分種質資源的抗病性進行了鑑定，結果見表。
從表看出，在目前收集儲存的種質資源中，抗黑脛病的種質較多，抗其他病害的種質較少，尤其是對黃瓜花葉病（CMV）還沒找到免疫或高抗的種質。
菸草種質資源抗病性鑑定結果
目前中國栽培的烤煙品種對黑脛病和根結線蟲病有較高的抗性，如雲煙85、中煙100、中煙98、K346、K326等；抗青枯病的有K346、RG17、雲煙87等；抗赤星病的有中煙98、中煙101、雲煙85、RG17等。但這些品種普遍感染病毒病（TMV、CMV、PVY），經常造成較大經濟損失。雲南省菸草科學研究所近幾年選育出抗TMV的雜交種F1，有希望推廣種植。白肋煙推廣的鄂煙1號、TN90、鄂煙3號等對黑脛病有中等抗性，較抗TMV和氣候性斑點病。馬里蘭煙推廣的Md609，高抗黑脛病，感花葉病、氣候性斑點病和赤星病，Md872中抗黑脛病、抗花葉病、赤星病和氣候性斑點病。曬菸種植的品種較多，大都不抗黑脛病，但耐病毒病。香料煙品種Samsun、Bama感黑脛病和青枯病，病毒病和赤星病輕。
近20年來，對部分種質資源的抗病性進行了鑑定，結果見表。
從表看出，在目前收集儲存的種質資源中，抗黑脛病的種質較多，抗其他病害的種質較少，尤其是對黃瓜花葉病（CMV）還沒找到免疫或高抗的種質。
菸草種質資源抗病性鑑定結果