主要有以下幾方面的因素

溫度：除一些特殊的嗜熱蛋白，絕大多數蛋白質在低溫時更容易保持穩定。故長期儲存蛋白質需要超低溫（-80度）凍存，或者液氮抽濾成凍乾粉。

pH：過酸或者過鹼的pH環境容易導致蛋白質變性沉澱，而過於接近蛋白質等電點的pH環境也容易造成蛋白質不穩定。

鹽濃度：不同的蛋白質有不同的親疏水性，也就是說有些蛋白質在較低的鹽濃度時比較穩定，有些則相反。

化學試劑：一些化學試劑如重金屬鹽、尿素、乙醇、鹽酸胍等等會破壞蛋白質結構，造成蛋白質不穩定。

物理因素：劇烈攪拌或者震盪形成的剪下力，加壓造成的內部肽鍵斷裂都會造成蛋白質的不穩定。

紫外線等：應注意蛋白溶液的避光尤其是避免日光的直接照射。光氧化會造成蛋白質的變性或失活。強烈的紫外光和離子輻射都會導致鍵的斷裂影響蛋白質的穩定性。

微生物汙染：空氣中的微生物因為蛋白溶液有較高的營養而更容易生長繁殖，故需注意蛋白溶液的密封性，以抑制微生物尤其是細菌的生長。