乙肝是一種由乙型肝炎病毒(HBV)感染機體後所引起的疾病，而HBV的基因組結構和編碼蛋白包括如下：

　　HBV基因組又稱為HBVDNA,其結構獨特而精密，由不完全的環狀雙鏈DNA組成，長的為負鏈，短的為正鏈。負鏈含3200個鹼基，正鏈的長度可變。HBV基因組中4個開放讀碼框(ORF)均位於負鏈，分別為S區、C區、P區、X區。

　　S區又分為前S1、前S2及S三個編碼區，分別編碼包膜上的前S1蛋白、前S2蛋白及HBsAg。前S蛋白有很強的免疫原性，HBV的嗜肝性主要由前S蛋白與肝細胞受體之間的識別和介導的。

　　C區又分為前C基因和 C基因，編碼HBeAg和HBcAg。從前C基因開始編碼的蛋白質經加工後分泌到細胞外即為HBeAg;從C基因開始編碼的蛋白質為HBcAg。

　　P區是最長的讀碼框架，編碼一個大分子鹼性多肽，分子量約為90KD，含有多種功能蛋白。

　　X基因編碼X蛋白，即HBxAg。HBxAg具有反式啟用作用，可啟用HBV本身的、其他病毒的或細胞的多種調控基因，促進HBV或其他病毒(如艾滋病病毒)的複製。