在mbr硬碟中，分割槽資訊直接儲存於主引導記錄（mbr）中（主引導記錄中還儲存著系統的載入程式）。

但在gpt硬碟中，分割槽表的位置資訊儲存在gpt頭中。但出於相容性考慮，硬碟的第一個扇區仍然用作mbr，之後才是gpt頭。

跟現代的mbr一樣，gpt也使用邏輯區塊位址（lba）取代了早期的chs定址方式。傳統mbr資訊儲存於lba0，gpt頭儲存於lba1，接下來才是分割槽表本身。64位windows作業系統使用16,384位元組（或32扇區）作為gpt分割槽表，接下來的lba34是硬碟上第一個分割槽的開始。

蘋果公司曾經警告說：“不要假定所有裝置的塊大小都是512位元組。”一些現代的儲存裝置如固態硬碟可能使用1024位元組的塊，一些磁光碟（mo）可能使用2048位元組的扇區（但是磁光碟通常是不進行分割槽的）。一些硬碟生產商在計劃生產4096位元組一個扇區的硬碟，但截至2010年初，這種新硬碟使用韌體對作業系統偽裝成512位元組一個扇區。

使用英特爾架構的蘋果機也使用gpt。

為了減少分割槽表損壞的風險，gpt在硬碟最後儲存了一份分割槽表的副本。簡單點說mbr格式硬碟扇區大小為512位元組，gpt要大得多，1024-4096都可以。