肝素柱子是親和柱的一種，主要原理就是可以跟一些生物大分子特異性結合，具體原理如下： 肝素（Heparin）是一種含硫酸酯的酸性多糖，能和抗凝血因子III、凝血酶、類凝血酶、人凝血因子IX、XI和VIII，也能和大腸桿菌表達的人白介素、人前列腺生長因子、重組人血管內皮生長因子 、軟骨生長因子、鹼性成纖維細胞生長因子、重組人酸性成纖維細胞生長因子、重組肝細胞生長因子、重組鼠肝素輔因子II、重組人血小板第四因子、重組人內皮抑素、重組人角質細胞生長因子等生物大分子結合，所以肝素親和層析介質可以用於這類物質的純化。 肝素親和層析介質（Heparin）以高流速瓊脂糖微球為基質，採用環氧活化工藝，將肝素偶聯到瓊脂糖凝膠上，該填料具有很高的物理、化學穩定性，配基不易脫落，使用壽命長，使用方便，應用廣泛。

親和層析是一種吸附層析，抗原（或抗體）和相應的抗體（或抗原）發生特異性結合，而這種結合在一定的條件下又是可逆的。所以將抗原（或抗體）固相化後，就可以使存在液相中的相應抗體（或抗原）選擇性地結合在固相載體上，藉以與液相中的其他蛋白質分開，達到分離提純的目的。

此法具有高效、快速、簡便等優點。