表達載體具有較高的蛋白質表達效率，一般因為具有強的啟動子。

而克隆載體只是為了儲存基因片段，這樣細胞內不會有很多表達的蛋白質而影響你別的工作。

看你的目的而選吧各有好處。

一、原理不同 1、克隆載體：採用從病毒、質粒或高等生物細胞中獲取的DNA作為克隆載體，在載體上插入合適大小的 外源DNA片段，並注意不能破壞載體的自我複製性質。將重組後的載體引入到宿主細胞中，並在宿主細胞中大量繁殖。 2、表達載體：在克隆載體基本骨架的基礎上增加表達元件(如啟動子、RBS、終止子等)，使目的基因能夠表達的載體。 二、要求不同 1、克隆載體：能在宿主細胞中複製繁殖，而且最好要有較高的自主複製能力；容易進入宿主細胞，而且進入效率越高越好；容易從宿主細胞中分離純化出來， 這才便於重組操作。 2、表達載體：常用細菌質粒進行構建，構建過程中運用限制性核酸內切酶切割出與目的基因相合的末端（多為黏性末端，也有平末端），採用DNA連線酶連線，匯入生物體實現表達。 三、組成部分不同 1、克隆載體：病毒、質粒或高等生物細胞。 2、表達載體：目的基因、啟動子、終止子、標記基因。 來源： -表達載體 -克隆載體