● 引起急性和慢性中毒。水體受有毒有害化學物質汙染後，透過飲水或食物鏈便可能造成中毒。著名的水俁病、痛痛病是由水體汙染引起的。● 致癌作用。某些有致癌作用的化學物質如砷、鉻、鎳、鈹、苯胺、苯並(a)芘和其他多環芳烴、鹵代烴汙染水體後，可被懸浮物、底泥吸附，也可在水生生物體內積累，長期飲用含有這類物質的水，或食用體內蓄積有這類物質的生物(如魚類)就可能誘發癌症。● 發生以水為媒介的傳染病。人畜糞便等生物汙染物汙染水體，可能引起細菌性腸道傳染病如傷寒、痢疾、腸炎、霍亂等;腸道內常見病毒如脊髓灰質類病毒、柯薩奇病毒、傳染性肝炎病毒等，皆可透過水體汙染引起相應的傳染病。1989年上海的"甲肝事件"，就是由水體汙染引起的。在發展中國家，每年約有6000萬人死於腹瀉，其中大部分是兒童。● 間接影響。水體汙染後，常可引起水的感官性狀惡化，如某些汙染物在一定濃度下，對人的健康雖無直接危害，但可使水發生異臭、異色，呈現泡沫和油膜等，妨礙水體的正常利用。銅、鋅、鎳等物質在一定濃度下能抑制微生物的生長和繁殖，從而影響水中有機物的分解和生物氧化，使水體自淨能力下降，影響水體的衛生狀況。