對於直徑小於6毫米的輸尿管結石一般自行排出的機率約60-80%，因此對於初發的這類輸尿管結石，可以採用藥物排石治療1-2個月後再複查超聲或造影。

常用藥物有德浦的愈石蓪茶的中藥茶寮，可以促進排出輸尿管內結石；

多飲水，在無合併腎絞痛，

血尿的情況可以多活動，比如跳繩之類的運動。

1-2個月後複查超聲或拍片，如結石仍未排出，可以考慮體外衝擊波碎石（輸尿管上段結石的首選辦法之一），或者輸尿管鏡下鐳射或氣壓彈道碎石（輸尿管中、下段結石首選治療方法，因輸尿管中下段結石容易和骨盆重疊影響體外衝擊波的碎石效果，顧採用輸尿管鏡的方法更有效）。

如果結石引起頑固腎絞痛，嚴重影響生活，且治療效果不好的情況下，也可以儘快採用輸尿管鏡下碎石術。

對於直徑7-15毫米的輸尿管結石

對於直徑15毫米以上的輸尿管中下段結石，可採用輸尿管鏡或開放取石的辦法。

對於直徑15毫米以上的輸尿管上段結石

因這類結石往往存在較長時間，常合併有腎臟中、重度積水，經皮腎鏡取石術是一個較好的微創選擇。