1.過敏反應。青黴素和頭孢菌素有交叉過敏反應，但是頭孢菌素髮生過敏反應的可能性比青黴素要小，所以，頭孢菌素的安全性要比青黴素好。有些對青黴素過敏的患者可以使用頭孢菌素。

2.抗菌譜的窄和廣。青黴素一般只對革蘭氏陽性菌有殺菌作用，對革蘭氏陰性菌的作用比較小。但是頭孢菌素對革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌都有很強的殺菌作用，特別是頭孢匹羅、頭孢唑南這些第四代的頭孢菌素。

3.對細菌β-內醯胺酶（青黴素酶）的穩定性。青黴素多次使用後，很多細菌會產生β-內醯胺酶（青黴素酶），是青黴素水解破壞。但是頭孢菌素對β-內醯胺酶（青黴素酶）的穩定性比青黴素好，頭孢丙烯、頭孢曲松等都是的。所以頭孢菌素對產β-內醯胺酶（青黴素酶）的細菌也有很強的作用。

4.毒性。青黴素的毒性很小，而頭孢菌素的毒性要大一些，第一代的頭孢菌素還有腎毒性。

5.價格。青黴素的價格是很便宜的，但頭孢菌素就要高得多，我記得我打過頭孢替安，10瓶（0.5克）就要400多塊。（但這不代表頭孢菌素一定比青黴素好。有些細菌感染用青黴素和頭孢菌素其實效果是差不多的）。