1、培養方向不同學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的型別主要是學術型學位；專業型碩士是國家為了克服學術型碩士的不足新增的一種新碩士，培養的是市場緊缺的應用型人才。

2、學習費用不同學術型碩士錄取為國家計劃內的碩士生。從2014年秋季學期起，所有的研究生開始自費。專業碩士從2010年開始基本跟全日制學術型碩士一樣，錄取為國家計劃內（非定向、定向）的碩士生按國家規定享受免學費待遇。

3、社會認可度不同學術型碩士由於是全日制正規大學碩士畢業，擁有學歷、學位雙證，因此社會對這樣的畢業生的認可度非常高。專業型碩士是09年教育部新增的碩士研究生，畢業生已頗具規模，認可度已經受社會考驗，且有國家頒發的雙證，前景不錯。

4、學習方式不同學術型碩士： 全日制學習。一般為3年。專業碩士：脫產全日制學習，學制2-3年。

5、文憑頒發不同學術型碩士同時頒發學位和學歷證書。專業碩士10月份單獨考試頒發學位證書，1月份考試同時頒發學位和學歷證書。