1、三公九卿是由皇帝任免；三省六部官員的升遷任免由吏部掌管；

2、三公九卿可以世襲；三省六部無法世襲；

3、三公九卿是官員人事制度；三省六部是國家行政機構；

4、三公九卿制是綜合性中央行政體制，行政、軍事、監察權力融為一體，帝政、國政混為一談；三省六部制是集決策、審議、行政為一體的中央行政體制；

5、三公九卿制使專制集權建立並趨向鞏固；三省六部制使專制集權步向完善。

皇帝是個吉祥物，皇、帝都是星的意思，意思是承天之命。作用跟教皇國師大巫王一樣。

三公九卿，三公通陰陽，九卿知寒暑。其令千里，不違四時。多是正統傳承，多出自世家大族。也有一些三公九卿，出身於奴隸，是皇帝先夢到了他們的相貌，後歷時數年找到，才被任用上的。

三省六部的人，是由天下萬民中不分貴賤科舉篩選而來，作用也是布令天下。

優缺點也是有的，三公九卿的朝代存，活時間會很長，800年、1000年。三省六部制下的朝代，存活時間短，最多不過200年、300年就更迭了。

至於治理下的百姓是否幸福，檢視天官書就知道了。其它的書，都能杜撰。