每一代都有可能會發生基因突變，基因突變是指在一定的條件下基因也可以從原來的存在形式突然改變成另一種新的存在形式，就是在一個位點上，突然出現了一個新基因，代替了原有基因。

引起基因突變的原因因素很多，例如：環境的氣候變暖，工業環境的汙染，輻射、後天異體輸血等等都是基因突變的因素。因為每個人的基因有成千上萬，而基因突變只頻率是很低的，所以不會出現明顯的差異。但根據基因重組的原理及顯隱性的問題，也許像母親的會更多些。

親子鑑定中的基因突變一般是指的在單親(父親和孩子或者母親和孩子兩個人之間的親子鑑定)親子鑑定的情況下，大人和孩子檢測出的DNA基因座數值有1-3個以內的數值不相同的情況就會懷疑是基因突變(大多數情況是1-2個基因座數值不相同)。在發生基因突變後，需要重新加做大人和孩子的另外10個基因座的檢測(一般鑑定中心加做基因座都是需要加收檢測費用)，如果加做的10基因座都相同就可以透過計算公式計算得出親子機率，達到99.99%-99.9999%就是支援親子關係。如果10基因座中有1-2個或者更多的基因座不相同(10基因座檢測出的不相同的基因座和之前的基因突變的不相同基因座加起來就超過有3個以上不相同基因座)那就直接排除親子關係。