清皇帝聰明的一點就是以蒙古大汗的身份統治蒙古諸部的，掃滅蒙古黃金家族最後一任林丹汗後，清朝皇帝自己兼任蒙古大汗，使的喀爾喀蒙古終清朝一代都服服帖帖，大清皇帝同時是蒙古大汗，也是西藏的保護人。1635年，林丹的兒子額哲在上都被後金追上，只好投降，獻出了元順帝當年帶走的傳國璽。於是，延續429年的蒙古汗國從此便從歷史上消失了。原有的蒙古各部部眾大都依附於後金。

在後金崇德元年(公元1636年)，以額哲為首的漠南蒙古十六部四十九位領主，在盛京(今遼寧瀋陽)舉行大會，共尊皇太極為蒙古大汗，並奉上“博格達徹辰汗”的尊號，整個漠南蒙古諸部都臣服於大清。該年後金改國號為清，皇太極正式稱帝。皇太極非常高興，不但封額哲為和碩親王，“爵秩最尊，位冠於扎薩克諸王之上，又不令其屬民分離，仍舊管領。”而且將自己的親生女兒嫁給額哲親王。在外蒙古等處還設汗，地位高於和碩親王，但無塔布囊而只設臺吉。

漠南蒙古投靠清朝較早編為蒙古八旗是清朝核心統治力量，而漠北蒙古是後期征服後的代理政權，兩者天差地別。漠北可汗只是尊號是一個傀儡，漠南蒙古親王是實權封疆親王。