藥物治療：一旦形成肛瘻，單純藥物治療僅能緩解症狀，很難治癒。可以使用抗生素，急性發作期可以使用抗生素抗感染，但一般不要超過一週。若發生嚴重腹瀉或長期腹瀉不愈的患者，可遵醫囑服用止瀉藥物，例如蒙脫石散。痔瘡栓和膏進行區域性消炎消腫。高錳酸鉀溶液燻蒸坐浴。做好肛門護理是康復的基礎，具體的要求是每次便後水洗肛門，每天用高錳酸鉀坐浴，坐要架空肛門懸空透氣。最好準備電動肛門護理包，裡面有肛部清潔器幫助便後清洗，肛部藥浴盆用坐姿完成燻蒸坐浴，肛部支撐墊幫助懸空傷口，促進水腫消退。特別注意的是便血的患者，便血的傷口受到大便中細菌的汙染，每次大便後不但要用肛部清潔器沖洗，還要用肛部消毒巾消毒，避免細菌大量滋生會刺激肛門水腫加重病情。坐浴藥用1：50濃度的高錳酸鉀溶液稀釋100倍後使用，不要買成1:5000濃度男科或者婦科用的，一次坐浴至少得要10瓶。肛腸護理包醫院和網上都有的，買的時候注意鑑別，比如肛部藥浴盆醫院用的只有透明的，因為要觀察藥液的濃度，假的仿製的時候由於無知，做成五顏六色不透明的。