清朝時期的知府和巡撫的區別是上下級的關係。

知府，掌一府之政令，總領各屬縣，凡宣佈國家政令、治理百姓，審決訟案，稽察奸宄，考核屬吏，徵收賦稅等一切政務皆為其職責。一般為正四品官員。

巡撫則已經屬於封疆大吏級別了。又稱撫臺。巡視各地的軍政、民政大臣。清代巡撫主管一省軍政、民政。以“巡行天下，撫軍按民”而名。清代為，從二品官員，如果加兵部侍郎銜，則為正二品。

主管的行政區域不同

【知府】官名。宋代至清代地方行政區域“府”的最高長官。唐以建都之地為府，以府尹為行政長官。宋升大郡為府，以朝臣充各府長官，稱以某官知（主管）某府事，簡稱知府。明以知府為正式官名，為府的行政長官，管轄所屬州縣。清沿明制不改。知府又尊稱太守、府尊，亦稱黃堂。《登泰山記》：“是月丁未，與知府朱孝純子潁由南麓登。”

【巡撫】　　官名。中國明清時地方軍政大員之一。又稱撫臺。巡視各地的軍政、民政大臣。清代巡撫主管一省軍政、民政。以“巡行天下，撫軍按民”而名。清代，地方大員的品級為：總督，兼都察院右都御史銜，正二品，加兵部尚書銜，從一品；巡撫，兼都察院右副都御史銜，從二品，加兵部侍郎銜，正二品。